Kolaborasi tim peneliti Universitas Mulawarman (UNMUL) dan Universitas Gadjah Mada (UGM) yang dipimpin oleh Dr. Dwi Susanto dan beranggotakan Muhmmad Fauzi Arif, M.Sc., dari Fakultas MIPA, UNMUL dengan Ganies Riza Aristya, Ph.D., dari Fakultas Biologi, UGM berhasil mencapai tonggak penting dalam upaya mendukung program pemuliaan tebu nasional berbasis smart breeding. Dalam penelitian yang berfokus pada pembangunan basis data genomik tebu (Saccharum officinarum L.), tim berhasil mengisolasi DNA berkualitas tinggi, melakukan sekuensing long-read, serta merakit dan mengidentifikasi secara lengkap genom kloroplas dari kultivar unggul tebu 'Bululawang'.
Penelitian dimulai dengan pengambilan sampel daun dari kebun koleksi PT Madubaru. Isolasi DNA menggunakan metode CTAB modifikasi berhasil menghasilkan DNA dengan konsentrasi tinggi dan kemurnian yang baik, yang memadai untuk teknologi sekuensing generasi terbaru. Proses sekuensing menggunakan platform Oxford Nanopore Technologies PromethION menghasilkan data mentah yang akurat dan data berkualitas yang kemudian dirakit menjadi genom kloroplas lengkap berukuran lebih dari 140 ribu pasang basa.
Hasil analisis dan anotasi mengungkap struktur genom kloroplas yang utuh dan khas, terdiri dari daerah Large Single Copy (LSC), Small Single Copy (SSC), dan dua daerah Inverted Repeat (IR). Tim berhasil mengidentifikasi seluruh gen fungsional penting di dalamnya, termasuk gen-gen yang terlibat dalam replikasi diri, fotosintesis (seperti Fotosistem I & II, kompleks sitokrom b6f, dan RuBisCO), serta berbagai fungsi metabolisme lainnya. Pencapaian ini menyediakan peta genetik yang sangat berharga untuk eksplorasi variasi genetik dan identifikasi penanda molekuler pada tebu. Keberhasilan penelitian ini tidak lepas dari dukungan mitra strategis, yaitu Pabrik Gula Madubaru Madukismo yang menyediakan akses material genetik dan masukan kebutuhan industri, serta Integrated Genom Factory (IGF) yang berkontribusi dalam kapasitas analisis bioinformatika.
Pencapaian ini secara langsung mendukung implementasi Tujuan Pembangunan Berkelanjutan (SDGs), khususnya SDG 2 (Tanpa Kelaparan) melalui pengembangan basis pengetahuan untuk pemuliaan tanaman pangan (tebu) yang lebih unggul dan berkelanjutan; serta SDG 9 (Industri, Inovasi, dan Infrastruktur) dengan memperkuat kapasitas penelitian dan pengembangan (R&D) genomik serta inovasi bioteknologi tepat guna di dalam negeri. Basis data genomik yang dihasilkan akan menjadi fondasi untuk pengembangan varietas tebu masa depan yang lebih produktif, adaptif terhadap perubahan iklim, dan mendukung kemandirian serta daya saing industri gula nasional.
berita adminbio